La deuxième distillation s'effectue dans le spirit still d'une capacité égale à environ les deux tiers de celle du wash still. C'est là que s'exerce tout l'art du distillateur qui ne doit retenir que le coeur de chauffe, éliminant les têtes de distillation trop chargées en alcools à forte volatilité qui coulent à environ 80% vol, et les queues de distillation contenant les alcools lourds. A mesure que la distillation progresse le degré alcoolique du liquide recueilli diminue régulièrement : le moment où le distillateur arrête de recueillir le coeur de chauffe s'appelle la coupe, qui interviendra généralement lorsque l'alcoomètre marque environ 62/65% vol. Si la coupe intervient trop tard, la trop grande proportion de queues donnera un whisky déséquilibré avec des arômes déplaisants. A contrario, une coupe prématurée privera l'eau de vie de certains composants indispensables pour obtenir un whisky de caractère. On obtiendra alors un produit certes sans défaut majeur, mais sans réel intérêt non plus. La vitesse de distillation a également son influence directe sur la qualité du produit recueilli.